Bioqueries: a collaborative environment to create, explore and share SPARQL queries in Life Sciences

Bioqueries provides a collaborative environment to create, explore, execute, clone and share SPARQL queries (including Federated Queries). Federated SPARQL queries can retrieve information from more than one data source.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Numerical simulation of a supersonic ejector for vacuum generation with explicit and implicit solver in openfoam

Supersonic ejectors are used extensively in all kind of applications: compression of refrigerants in cooling systems, pumping of volatile fluids or in vacuum generation. In vacuum generation, also known as zero-secondary flow, the ejector has a transient behaviour. In this paper, a numerical and experimental research of a supersonic compressible air nozzle is performed in order to investigate and to simulate its behaviour. The CFD toolbox OpenFOAM 6 was used, with two density-based solvers: explicit solver rhoCentralFoam, which implements Kurganov Central-upwind schemes, and implicit solver HiSA, which implements the AUSM+up upwind scheme. The behaviour of the transient evacuation ranges between adiabatic polytropic exponent at the beginning of the process and isothermal at the end. A model for the computation of the transient polytropic exponent is proposed. During the evacuation, two regimes are encountered in the second nozzle. In the supercritic regime, the secondary is choked and sonic flow is reached. In the subcritic regime, the secondary flow is subsonic. The final agreement is good with the two different solvers, although simulation tends to slightly overestimate flow rate for large values region.Peer ReviewedPostprint (published version

A New Multi-Objective Approach for Molecular Docking Based on RMSD and Binding Energy

Ligand-protein docking is an optimization problem based on predicting the position of a ligand with the lowest binding energy in the active site of the receptor. Molecular docking problems are traditionally tackled with single-objective, as well as with multi-objective approaches, to minimize the binding energy. In this paper, we propose a novel multi-objective formulation that considers: the Root Mean Square Deviation (RMSD) difference in the coordinates of ligands and the binding (intermolecular) energy, as two objectives to evaluate the quality of the ligand-protein interactions. To determine the kind of Pareto front approximations that can be obtained, we have selected a set of representative multi-objective algorithms such as NSGA-II, SMPSO, GDE3, and MOEA/D. Their performances have been assessed by applying two main quality indicators intended to measure convergence and diversity of the fronts. In addition, a comparison with LGA, a reference single-objective evolutionary algorithm for molecular docking (AutoDock) is carried out. In general, SMPSO shows the best overall results in terms of energy and RMSD (value lower than 2A for successful docking results). This new multi-objective approach shows an improvement over the ligand-protein docking predictions that could be promising in in silico docking studies to select new anticancer compounds for therapeutic targets that are multidrug resistant.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

An inverse analysis method based on deflection to curvature transformation to determine the tensile properties of UHPFRC

“The final publication is available at Springer via http://dx.doi.org/[http://dx.doi.org/10.1617/s11527-014-0434-0”[EN] The determination of the tensile properties of such a deflection hardening response material as UHPFRC is a serious challenge for both researchers and designers. This process involves many factors, such as specimen size, fibre orientation or test typology. The socalled inverse analysis is used to obtain the tensile constitutive properties that are consistent with the specimen response in a bending test. This work focuses on the inverse analysis process. The main aim is to develop a new back-calculation methodology, which is easy to implement, reliable, quick and is consistentwith the measurements taken from a four-point bending test. The new methodology proposed has been validated using an analytical formulation and the experimental results of others authors. This paper also includes an application example of how this methodology works.This work forms part of the ‘‘FIBAC’’ and ‘‘FISNE’’ research projects, with reference BIA2009-12722 and BIA2012-35776, respectively, supported by the Spanish Ministry of Economy and Competiveness and the FEDER fund. Support for this project is gratefully acknowledged. We also wish to thank the Universitat Polite`cnica de Vale`ncia for its Excellence Scholarship (PAID-09-11), the Spanish Ministry of Education, Culture and Sport for its FPU scholarship programme, and also Mr. Toshiyuki Kanakubo for his friendly treatment and help.López Martínez, JÁ.; Serna Ros, P.; Navarro Gregori, J.; Camacho Torregrosa, EE. (2015). An inverse analysis method based on deflection to curvature transformation to determine the tensile properties of UHPFRC. Materials and Structures. 48(11):3703-3718. https://doi.org/10.1617/s11527-0.14-0.434-0S37033718481

Enriquecimiento automático de ontologías biomédicas mediante el uso de mappings

Dione es una representación en OWL del ICD-10-CM, consistente lógicamente, cuyos axiomas definen las inclusiones y exclusiones del ICD-10-CM mediante una metodología basada en los mappings ICD-10-CM/SNOMED-CT, proporcionados por UMLS y BioPortal, y que han sido validados por una comunidad de expertos en el ámbito biomédico. En este artículo se presenta una metodología automática que permite la población con axiomas en Dione a partir de los mappings establecidos entre ICD-10-CM y otra ontología biomédica que hayan sido proporcionados por BioPortal. Para mostrar el funcionamiento de esta metodología, se han utilizado los mappings entre Dione y ORDO. Esta última es una ontología que incluye el conjunto de enfermedades raras, genes y otras características para la población de nuevos axiomas en Dione. Una vez que estos axiomas se incluyeron en Dione, se comprobó su consistencia utilizando el razonador ELK y se mostró con un caso de uso que las clases equivalentes entre las ontologías DIONE-ORDO permitían la inferencia de axiomas que definen una clase ICD-10-CM en DIONE a una clase que representa una enfermedad rara en ORDO y, viceversa. Esta nueva metodología se puede aplicar a dos ontologías biomédicas cualquiera cuyos mappings estén previamente definidos en BioPortal.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Docking Inter/Intra-Molecular Mediante Metaheurísticas Multi-objetivo

El Acoplamiento Molecular (Molecular Docking) es un problema de optimización de gran complejidad que consiste en predecir la orientación de dos moléculas: el ligando y el receptor, de manera que formen un complejo molecular energéticamente estable. El docking molecular es un problema tradicionalmente tratado con éxito mediante metaheurísticas para la optimización de un objetivo: la mínima energía libre de unión. Sin embargo, en la literatura actual no se encuentran muchos trabajos que traten este problema desde el punto de vista multiobjetivo. En este sentido, todavía no existen estudios comparativos con el fin de dilucidar qué técnica (o qué tipo de ellas) ofrece un mejor rendimiento en general. En este estudio realizamos una comparativa experimental de una serie de algoritmos multiobjetivo representativos del estado del arte actual, para la resolución de instancias complejas de docking molecular. En concreto, los algoritmos evaluados son: NSGA-II, ssNSGA-II, SMPSO, GDE3, MOEA/D y SMS-EMOA. Para ello, hemos seguido un enfoque de optimización basado en las energías inter- e intra-molecular, siendo éstos los dos objetivos a minimizar. En la evaluación de los al- goritmos hemos aplicado métricas de rendimiento para medir la convergencia y la diversidad de los frentes de Pareto resultantes, respecto a frentes de referencia calculados. Además, en comparación con soluciones mono-objetivo obtenidas por técnicas de referencia en el problema (LGA), comprobamos cómo los algoritmos multi-objetivo evaluados son capaces de obtener conformaciones moleculares de mínima energía de acoplamiento.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

Estudio de Estrategias de Archivo en PSO Multi-Objetivo para el Docking Molecular

El acoplamiento molecular es un problema de optimización complejo cuyo objetivo es la predicción de la posición de un ligando en el sitio activo de un receptor con la mínima energía de unión. Este problema puede ser formulado como un problema de optimización de dos objetivos que minimiza la energía de unión y la desviación de la media cuadrática de las posiciones atómicas (RMSD) de los ligandos. En este contexto, el algoritmo multi-objetivo de swarm-intelligence SMPSO mostró un rendimiento destacable. SMPSO se caracteriza por usar un archivo externo para almacenar las soluciones no dominadas y como base para estrategia de selección de líder. En este artículo, se analizan diferentes variantes de SMPSO basadas en diferentes estrategias de archivo utilizando un benchmark de instancias moleculares. Este estudio revela que la variante SMPSOhv obtiene los mejores resultados.Universidad de Málaga. Campus de Excelencia Internacional Andalucía Tech

La internacionalización en la Universidad Autónoma del Estado de México: una estrategia para traspasar fronteras

Objetivo. Presentar la participación en programas de internacionalización en la Universidad Autónoma del Estado de México. Antecedentes. Con la intención de dar respuesta a los desafíos que ha impuesto la globalización, la cual ha abarcado todas las áreas del quehacer humano, se ha planteado en el Sector educativo llevar a la internacionalización a la educación superior. Para lograrlo, se deben involucrar los estudiantes, profesores e investigadores, pretendiendo con ellos compartir las diferentes experiencias para estableciendo las nuevas directrices del nuevo paradigma de la educación: la cooperación y colaboración internacional. En la Universidad Autónoma del Estado de México (UAEM) se tiene una oferta educativa en la cual tiene casi la totalidad de programas están acreditados, todo esto tendiente a bridar educación con calidad. Sin embargo aún existen acciones por fortalecer, una de ellas es la internacionalización. Actualmente la Universidad vive momentos en los cuales habrá cambios de Rector, lo que motiva a conocer cuáles son las estrategias que se están planteando para la próxima administración. Método. Se revisaron los diferentes documentos institucionales normativos y aquellos en los cuales se reporta la movilidad internacional que ha existido en la Universidad durante la administración de la rectoría 2010 – 2013 registrando el comportamiento que se ha tenido. Se identifica en documentos de planeación las estrategias a seguir para fortalecer la internacionalización de la UAEM. Resultados. Existen diferentes rubros los cuales se han estado de manera sistemática evaluando, esto para dar cumplimiento a la política educativa la calidad de la educación. El programa presentado en los diferentes espacios académicos que se implementará a partir del 15 de mayo, plantea a la internacionalización de la institución como uno de sus objetivos. Conclusión: Dentro del compromiso que la UAEM tiene para brindar educación de calidad está incrementar las actividades de movilidad para fortalecer su internacionalización

Pasantía internacional Universidad Nacional Autónoma de México. Junio-Julio 2014

CD-T 628.114 C162; 36 pLa siguiente investigación se realiza para identificar las técnicas de perforación de pozos de agua que se realizan en México. Si bien se reconoce la riqueza hídrica nacional, tanto en la distribución espacial como temporal, este enorme potencial se restringe en su aprovechamiento por la confluencia de múltiples factores en buena medida los patrones de aprovechamiento, caracterizados por mecanismos de uso poco eficientes del recurso. Por otra parte pretende identificar el potencial que tenemos en agua subterránea y nos brinda la posibilidad de ayudar a las regiones de Colombia donde se han generado problemas por falta de agua potable, este estudio es una herramienta que nos permite comprender y aprender técnicas de perforación y aprovechamiento de recursos para la construcción de pozos de agua profundos los cuales tendrán un fuerte impacto en el desarrollo económico y de salud en estas regiones carentes de agua.Universidad Libre Seccional Pereir